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人工接种一般在接种箱、接种帐内或超净工作台上完成。接种箱是由木料和玻璃制成的密闭箱，上部装有能启闭的玻璃窗，木板侧面开有两个直径15cm左右的圆孔，装有套袖；在圆孔外侧设有活动挡板，以便熏蒸时或接种结束后密封；必要时可在箱内顶部安装紫外灯和日光灯。接种箱制作成本低，便于彻底消毒，移动方便，适合制备各级菌种，但容量较小，操作略有不便。接种帐采用钢筋或竹竿等做成框架，围上塑料膜，四周密封，内部可以消毒，由于投资小，容量大，可以移动，可以在栽培袋接种时使用。超净工作台可以获得局部洁净的工作区域，在小规模菌种制作时，可以用超净工作台代替接种箱工作。
工人在接种食用菌人工接种前，接种箱及接种帐内需进行化学消毒，而化学消毒剂会对人体造成一定的伤害，因此越来越多人选择在洁净的接种室内进行机械接种。随着种植规模扩大以及接种条件改善，机械接种将成为主要的接种方式。按照菌种形态不同，接种机械分为固体接种机和液体接种机；按照栽培方式不同，接种机械又分为袋栽接种机和瓶栽接种机。
食用菌（一）固体菌种接种机
菌棒出菇方式决定了菌种接种方式，毛木耳等袋栽食用菌通常是菌棒顶端出耳，而香菇、黑木耳等食用菌通常是菌棒侧面出菇（耳）。1.袋栽固体菌种接种机：针对菌棒顶端出菇设计的固体菌种接种机，必须使用特制的菌袋盖。菌袋盖包括盖塞、定位环和套环，套环用于套住菌包塑料袋，起支撑作用，定位环起定位作用，盖塞用来盖住菌袋。
固体菌种接种机针对菌袋顶端出菇设计的接种机在开始工作时，输送装置先将菌包筐送至设备中心位，顶升机构将筐顶升；小凸轮升降机构上行至上止点，套环被定位夹紧；小凸轮升降机构下行，菌袋回落（增大料面与套环之间的接种空间），提盖机构将盖塞提起，移位。取种机构将固体菌种挖取至接种料斗，接种机构将接种料斗送至设备中心位，接种料斗插入套环内，开启无菌气供给装置将固体菌种接入菌包内。接种料斗回升，接种机构回至原位，大凸轮提盖机构回位下压将盖塞盖紧，套环定位夹紧机构松开定位环，顶升机构回位，将筐放置至输送线上，驱动装置将已接种的菌包筐送出，同时将新筐接送至设备中心位。
新鲜的香菇接种机工作时，先将单个菌袋放在袋槽中固定，当菌袋运至整压位置时，通过光电开关识别后定位；控制系统启动整压块进行整压，在整压的同时对菌棒涂抹酒精消毒；之后将菌棒输送到打孔位置，开始打孔；打完孔将菌袋输送至接种工位，待接种；在菌种箱中设有菌料破碎装置，将菌种棒进行无损伤破碎；再通过两个物料推送气缸，利用推种器将菌种压入空穴中，压实。接种完成后，将菌袋输送至出袋口，完成接种。其中推种器中设有消毒机构，可以定量注入酒精，以达到对推种器消毒的目的，同时又不影响推种器的正常工作。在打孔之前，也经过了菌袋整压和消毒，保证了接种过程的安全性。
新鲜的食用菌2.瓶栽固体菌种接种机、瓶栽固体菌种接种机开始工作时，首先菌筐到位后，压脚气缸启动下行通过菌瓶套板将菌瓶固定；当瓶颈被压住之后打开菌盖；同时接种瓶到达接种位，菌盖提升到位后其信号传给控制料斗中封门开闭的摆动气缸，此时摆动气缸打开封门，接入菌种；接种完毕将封门关闭并盖上菌盖，将电信号送至压脚气缸电磁阀，使压脚抬起；输送电机在光电开关的作用下旋转，料筐前进。当菌种筐接种结束后，输送至振动设备上振动几秒钟后自动送出。
不同品种的食用菌（二）液体菌种接种机
按照栽培方式不同，液体菌种接种机可分为袋栽液体菌种接种机和瓶栽液体菌种接种机。1.袋栽液体菌种接种机、当接种机开始工作时，输送装置将菌包筐送至设备中心位；顶升机构将筐顶升，小凸轮升降机构上行至上止点，套环定位夹紧机构将套环定位，夹紧；小凸轮升降机构下行，菌包回落，以便增大料面与套环之间的接种空间；提盖机构将盖塞提起，移位；接种装置将喷嘴插入套环内，开启菌种分配器，将液体菌种接入菌包内；接种装置回升，大凸轮提盖机构回位下压，将盖塞盖紧；套环定位夹紧机构松开定位环，顶升机构回位，将筐放置输送线上；驱动装置将已接种的菌包筐送出，同时将新筐接送至设备中心位。袋栽液体菌种接种机可实现在线清洗消毒，接种结束后，将清洗消毒装置放置在输送线上，启动清洗、消毒程序，对菌种输送管道实现自动清洗消毒。
液体菌种接种机2.瓶栽液体菌种接种机、接种机开始工作时，先启动工作程序，输送辊道运行，瓶筐被送至接种位置时，光电感应开关得到信号，压瓶机构将瓶压住，同时压盖机构的顶脚压在瓶盖上，随后启盖机构将瓶盖拔起，接种开关得到信号，接种管路驱动机构移动，将接种管路装置送到接种位置，发出电信号，使16个电磁阀同时通电，喷嘴喷出定量的液体菌种。然后接种管路驱动机构返回，发出信号，启盖机构复位；在复位过程中，等瓶盖盖到瓶口上，压瓶机构复位松开瓶子，发出信号允许输送辊道运转，将瓶筐送出。
